1、遗传因素
遗传学研究证明，兔唇为多基因遗传性疾病，20-30%的患者具有阳性的遗传因素。经常可见在患者的亲属中有类似的畸形发生，母亲若有兔唇，其子女的发病率高达15%；若父亲有兔唇，其子女的发病率为5%。
据研究证明，如果已生育一个严重兔唇的婴孩，那么出现第二个兔唇婴儿的机率为5%；若兔唇情况不严重，出现第二个兔唇婴儿为3%，近亲结婚者的子女发病率更高。
2、环境因素
若怀孕期间缺乏维生素，或在怀孕期间感染病毒，接触X射线、激素或抗肿瘤药物、抗组胺药、烟酒刺激等，都可能造成遗传基因的突变等一系列畸变。
另外，怀孕初期密切接触化学药物如施农药，或有毒物质，过多接触放射线或长时间从事计算机操作，容易造成胎儿先天性唇腭裂。因此，一些专家建议怀孕期间应避免长时间在电脑前工作。
3、缺乏叶酸
对于正常受孕孕妇来说，在前三个月都是要多服用叶酸的，因为叶酸的作用就是为了可以防止一些畸形病的出现，兔唇就是其中很明显的一种。
另外，妇女怀孕期间的呕吐和偏食也会影响营养摄入，造成维生素缺乏，而在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
4、患病所致
从一些临床病例统计证明，妇女妊娠其所患的某些疾病是造成先天性唇腭裂的主要原因。如感冒，尤其是孕期的头3个月，因为胚胎发育的第4周开始形成颜面部，第5周腭部开始发育，第12周时各部份腭完全融合，此时母亲患病则可能造成胎儿腭部发育缺陷。另外，在妊娠早期，如遇风疹病毒感染，也会成为婴儿唇腭裂的原因。
5、药物因素
有些药物能通过胎盘屏障影响胚胎发育，如安眠药、抗过敏药、苯妥英那、肾上腺皮质激素、环磷酸胺均可导致胎儿畸形。已证实妊娠早期服用羊癫症药物，孕期大量服用维生素A，都可引起先天性唇腭裂。
6、内分泌影响
在怀孕早期，如孕妇因精神紧张及外伤等原因，可使体内的肾上腺皮质激素分泌增加，从而导致婴儿先天畸形。